In Staffel 3 von "Bungo Stray Dogs" wird die Geschichte um die Armed Detective Agency und ihre Konflikte mit der Port Mafia weitergeführt. Die Staffel konzentriert sich auf den Konflikt zwischen der Armed Detective Agency und der Port Mafia, während neue Bedrohungen und Geheimnisse aufgedeckt werden. Ein zentraler Handlungsstrang ist die Einführung des "Guild"-Arcs, der die Agency in einen Kampf gegen die Guild, eine Organisation von übernatürlich begabten Individuen, verwickelt. Die Charaktere müssen sich ihren eigenen inneren Dämonen stellen und gleichzeitig die Bedrohung durch die Guild abwehren. Die Staffel beleuchtet auch die Hintergrundgeschichten einiger Charaktere, insbesondere von Atsushi Nakajima und Osamu Dazai, und zeigt, wie ihre Vergangenheit sie in die gegenwärtigen Konflikte hineinzieht. Die Themen Freundschaft, Loyalität und das Streben nach Identität stehen im Vordergrund, während die Charaktere sich weiterentwickeln und ihre Fähigkeiten im Kampf gegen ihre Feinde einsetzen. Insgesamt bietet Staffel 3 eine Mischung aus Action, Drama und tiefgründigen Charakterentwicklungen, die die Zuschauer fesseln.